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Text File  |  1995-03-04  |  2.2 KB  |  44 lines
  1. ********************************************
  2. * Phospholipase A2 active sites signatures *
  3. ********************************************
  4.  
  5. Phospholipase A2 (EC 3.1.1.4) (PA2) [1,2] is  an  enzyme  which releases fatty
  6. acids  from  the  second  carbon group of glycerol.  PA2's are small and rigid
  7. proteins of  120  amino-acid residues that have four to seven disulfide bonds.
  8. PA2 binds a calcium ion which is required for activity. The side chains of two
  9. conserved residues,  a  histidine  and  an  aspartic  acid,  participate  in a
  10. 'catalytic network'.
  11.  
  12. Many PA2's  have been sequenced from snakes, lizards, bees and mammals. In the
  13. latter, there are at least two forms: pancreatic and membrane-associated.  The
  14. venom of  most  snakes  contains  multiple  forms  of  PA2.  Some  of them are
  15. presynaptic neurotoxins  which  inhibit neuromuscular transmission by blocking
  16. acetylcholine release from the nerve termini.
  17.  
  18. We derived  two  different signature patterns for PA2's. The first is centered
  19. on the  active  site  histidine  and  contains  three  cysteines  involved  in
  20. disulfide bonds.  The  second is centered on the active site aspartic acid and
  21. also contains three cysteines involved in disulfide bonds.
  22.  
  23. -Consensus pattern: C-C-x(2)-H-x(2)-C
  24.                     [H is the active site residue]
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL    known
  26.  functional PA2's.     However, this pattern will not detect some snake toxins
  27.  homologous with PA2 but which have lost their catalytic activity.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 12.
  29.  
  30. -Consensus pattern: [LIVM]-C-{LIVMFYWPCST}-C-D-x(5)-C
  31.                     [D is the active site residue]
  32. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: the majority
  33.  of functional  and  non-functional PA2's.  Undetected sequences are  bee PA2,
  34.  gila monster PA2's, PA2 PL-X from habu and PA2 PA-5 from mulga.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 4.
  36.  
  37. -Last update: June 1994 / Text revised.
  38.  
  39. [ 1] Davidson F.F., Dennis E.A.
  40.      J. Mol. Evol. 31:228-238(1990).
  41. [ 2] Gomez F., Vandermeers A., Vandermeers-Piret M.-C., Herzog R., Rathe J.,
  42.      Stievenart M., Winand J., Christophe J.
  43.      Eur. J. Biochem. 186:23-33(1989).
  44.